Το σχολείο αποτελούσαν τέσσερα κτίρια: το «Λευκό» (το σημερινό κτίριο του Προτύπου Λυκείου, εξ αρχής διδακτήριο), το «Ανατολικό» (το κτίριο του σημερινού Προτύπου Γυμνασίου, αρχικά οικοτροφείο και τραπεζαρία), ο «Υμηττός» (το σημερινό ΕΠΑΛ, αρχικά οικοτροφείο) και ο «Πύργος» (το σημερινό κτίριο των γραφείων του ΙΓΕ, αρχικά οικοτροφείο).

Τα Ανάβρυτα, όσον αφορούσε το οικοτροφείο, λειτουργούσαν με ένα σύστημα αυτοδιοίκησης αποτελούμενο από μια ιεραρχική πυραμίδα επικεφαλής της οποίας ήταν ο ‘Φύλακας’  του σχολείου και ακολουθούσαν οι βαθμοφόροι (πράσινοι – από το σχετικό διακριτικό στο μέρος της καρδιάς), οι δόκιμοι (πράσινοι-λευκοί) και τέλος οι λευκοί. Οι  λευκοί επιλεγόταν από τη Διεύθυνση του σχολείου και η ανέλιξη στην ιεραρχία γινόταν με απόφαση ενός μικτού συμβουλίου παιδαγωγών – βαθμοφόρων.

Οι μαθητές ακολουθούσαν ένα αυστηρό ημερήσιο πρόγραμμα με πολλές ώρες γυμναστικής και αθλοπαιδιών (στίβος, μπάσκετ, βόλεϋ, χόκεϊ), απαιτητικά μαθήματα, ομαδικό γεύμα – δείπνο στην τραπεζαρία του «Ανατολικού» όπου και εναλλάσσονταν στην υπηρεσία του τραπεζοκόμου, πρακτική εργασία (οικοδομικές, ξυλουργικές και κηπουρικές εργασίες), τρίωρη ομαδική μελέτη υπό την επίβλεψη των καθηγητών τους, λίγο ελεύθερο χρόνο και νωρίς κατάκλιση για ύπνο. Το πρόγραμμα περιελάμβανε ακόμα συμμετοχή σε θεατρικές ομάδες που κατέληγαν σε παραστάσεις στο υπαίθριο θέατρο των Αναβρύτων και πολυήμερες εκπαιδευτικές εκδρομές στην Ελλάδα.

Ο Kurt Hahn επισκέφθηκε τα Ανάβρυτα στις 7 Φεβρουαρίου 1957, έμεινε δέκα ημέρες και χαρακτήρισε το Εθνικό Εκπαιδευτήριο Αναβρύτων ως το καλύτερο από τα αδελφά σχολεία  γιατί στα πλαίσια της λειτουργίας του είχε επιτευχθεί συμβίωση μαθητών από όλες τις κοινωνικές τάξεις και από διαφορετικές τοπικές κοινωνίες.

Η πορεία που ακολουθούσε to «Εθνικόν Εκπαιδευτήριον Αναβρύτων» διακόπηκε με το Β.Δ. 662/1971. Το «Εθνικόν Εκπαιδευτήριον Αναβρύτων» αντικαταστάθηκε από το δημόσιο εξαετές «Γυμνάσιον Αριστούχων Αναβρύτων». Αυτό απετέλεσε την δεύτερη εκπαιδευτική μονάδα που ιστορικά λειτούργησε στο Δασόκτημα Συγγρού. Το «Γυμνάσιον Αριστούχων Αναβρύτων» ήταν με την σειρά του ένα επίσης καινοτόμο παιδαγωγικό εγχείρημα. Βασιζόταν στην κυρίαρχη τάση του “συμπεριφορισμού” (behaviourism) της δεκαετίας του ΄60. Κυρίαρχη παιδαγωγική γραμμή δεν ήταν πλέον η διαμόρφωση ατόμων – ηγητόρων (leaders), βασική συνιστώσα του συστήματος του Κουρτ Χαν, αλλά η πεποίθηση ότι “οι καλοί, όταν βρεθούν μεταξύ τους, γίνονται καλύτεροι“.  Το «Γυμνάσιον Αριστούχων Αναβρύτων» απετέλεσε μαζί με άλλα δύο ομόλογα σχολεία, ένα στην Θεσσαλονίκη και την «Αναργύρειον και Κοργιαλένειον Σχολή Σπετσών», δίκτυο σχολείων υψηλών απαιτήσεων. Τα τρία σχολεία λειτούργησαν ως οικοτροφεία. Οι μαθητές γίνονταν δεκτοί κατόπιν εξετάσεων ειδικά για τα τρία «Γυμνάσια Αριστούχων» με βάση την ύλη των δύο τελευταίων τάξεων του Δημοτικού. Επιπλέον μόνον ένας μαθητής ήταν δυνατόν να προταθεί για αυτές τις εξετάσεις από κάθε ΣΤ’ Τάξη Δημοτικού Σχολείου, ώστε να αποφευχθεί η υπερεκπροσώπηση “καλών” δημοτικών και, αντιθέτως, να διασφαλισθεί η συγκέντρωση όσον το δυνατόν περισσοτέρων “καλών”,  από όσο το δυνατόν περισσότερες περιοχές της χώρας, καθένας των οποίων ήταν “καλός” στο περιβάλλον του. Οι μαθητές ήταν υπότροφοι (εκτός εάν το οικογενειακό εισόδημα ήταν πολύ υψηλό). Παρέμεναν στα «Γυμνάσια Αριστούχων» μόνον εφ’ όσον διασφάλιζαν βαθμό «άριστα» κάθε έτος.

Τα αυστηρά κριτήρια επιλογής είχαν ως αποτέλεσμα την πρώτη χρονιά της εφαρμογής του Β.Δ. 662/1971 για τα «Γυμνάσια Αριστούxων» να λειτουργήσει μόνον το «Γυμνάσιο Αριστούχων Αναβρύτων», αφού δεν συγκεντρώθηκε ο απαιτούμενος αριθμός επιτυχόντων για τα άλλα δύο. Η υψηλή επίδοση που απαιτείτο σε περιβάλλον αυξημένου ανταγωνισμού, χωρίς εξωσχολική βοήθεια, με πλήρη ανάληψη των θεμάτων της καθημερινότητας από τους ίδιους τους οικοτρόφους και απαιτητικών αθλητικών επιδόσεων αποψίλωσε τις τάξεις στα τρία «Γυμνάσια Αριστούχων». Σε δύο έτη το 70% των μαθητών δεν είχε μπορέσει να εκπληρώσει το κριτήριο παραμονής ή είχε επιλέξει να εγκαταλείψει την προσπάθεια.  Κατά το τρίτο έτος της εφαρμογής του Β.Δ. 662/1971 τα τρία «Γυμνάσια Αριστούχων» συγχωνεύθηκαν στο ένα και μοναδικό που απέμεινε: το «Γυμνάσιο Αριστούχων Αναβρύτων». Σε όλο αυτό το διάστημα, το οικοτροφείο Αναβρύτων λειτουργούσε σύμφωνα με τον αρχικό του κανονισμό.

Το «Γυμνάσιον Αριστούχων», όπως και οι παιδαγωγικές αρχές στις οποίες στηρίχθηκε, έφθασαν στο προδιαγεγραμμένο τέλος τους σχετικά σύντομα. Το «Γυμνάσιον Αριστούχων» αντικαταστάθηκε από το «Πρότυπο Γυμνάσιο Αναβρύτων» με απόφαση του Υπουργού Παιδείας                               (Φ. 220.61/4/6351/1.2.1975), την τρίτη εκπαιδευτική μονάδα που λειτούργησε στο Δασόκτημα Συγγρού. Το «Πρότυπο Γυμνάσιο» εξακολουθούσε να είναι οικοτροφείο με τους μαθητές υποτρόφους, κατόπιν εξετάσεων, όχι πλέον του «Βασιλικού Ιδρύματος “Βασιλεύς Παύλος”», αλλά του «Εθνικού Ιδρύματος Νεότητας». Μαζί με το «Γυμνάσιον Αριστούχων» καταργήθηκε και η επαχθής ρήτρα παραμονής, δηλαδή ο βαθμός «άριστα», η οποία, δεδομένων των συνθηκών, είχε αποβεί εξοντωτική.

Από το χρονικό σημείο αυτό οι αλλαγές είναι αρκετά συχνές. Η επομένη επήλθε με το Π.Δ. 508/9-6-1977, με την αριθμ. 57243/11-6-1977 και άλλες υπουργικές αποφάσεις, που καταργούσε σε όλη την χώρα τα εξαετή γυμνάσια διαιρώντας την δευτεροβάθμια εκπαίδευση σε δύο κύκλους: γυμνασίου και λυκείου. Το «Πρότυπο Γυμνάσιο Αναβρύτων» μετασχηματίστηκε σε «Πρότυπο Γυμνάσιο-Λύκειο Αναβρύτων» με την ενιαία ονομασία «Πρότυπος Σχολή Αναβρύτων». Η ισχύς του νόμου δεν επέφερε ουσιαστική αλλαγή στον τρόπο λειτουργίας του σχολείου. Η ποιοτική διαφοροποίηση επήλθε από άλλο γεγονός. Το σχολικό έτος 1976-1977 επιτράπηκε για πρώτη φορά στην ιστορία των Αναβρύτων η φοίτηση σε μαθητές μη οικοτρόφους. Η παρουσία τους απετέλεσε κοσμοϊστορικό γεγονός για τον περίκλειστο κόσμο των Αναβρύτων. Θα πρέπει να διευκρινισθεί ότι οι οικότροφοι μέχρι τα μέσα της δεκαετίας του ’60 μπορούσαν να επιστρέψουν στα σπίτια τους κάθε δεύτερο Σαββατοκύριακο. Μετά επιτράπηκε η έξοδος κάθε Σαββατοκύριακο. Αυτό δε δεν ίσχυε για όλους… οι “τιμωρημένοι“, αυτοί που λόγω διαφόρων παραπτωμάτων στην διάρκεια της εβδομάδας είχαν συλλέξει ποινές, παρέμεναν μέσα. Ακόμα χειρότερα, οι επαρχιώτες μόνον τις διακοπές των Χριστουγέννων και του Πάσχα, όπως και κατά τους θερινούς μήνες, εγκατέλειπαν το σχολείο.

Το σχολικό έτος 1977-1978 σηματοδότησε την νέα δυναμική που αναπτυσσόταν. Πρώτα απ’ όλα ο αριθμός των “εξωτερικών” μαθητών (μη οικοτρόφων) ξεπέρασε τον αριθμό των οικοτρόφων. Ήταν επίσης η πρώτη χρονιά κατά την οποία παραβιάστηκε το ‘άβατον’ της καθηγητικής έδρας, για πρώτη φορά δίδαξαν καθηγήτριες. Μέχρι τότε το διδακτικό προσωπικό αποτελούνταν μόνον από καθηγητές. Οι μικρότερες τάξεις συγκροτούνταν πλέον, όπως σε όλα τα γυμνάσια και λύκεια, από μαθητές και μαθήτριες. Τα επίθετα “αρρένων” και “θηλέων“, συνοδευτικά των λέξεων “γυμνάσιο” και “λύκειο“, αποτελούσαν πια παρελθόν, όπως και οι παιδαγωγικές αρχές που είχαν επιβάλει την χρήση τους. Στα Ανάβρυτα εξακολούθησαν να υπάρχουν οικότροφοι, αλλά τα πρωινά, την ώρα των μαθημάτων, ο χαρακτήρας του οικοτροφείου αποδυναμωνόταν αισθητά. Η εικόνα των Αναβρύτων ήταν αυτή ενός συνηθισμένου προτύπου σχολείου.

Παρ’ όλ’ αυτά, μέσα σε κλίμα “κανονικοποιήσεως” τους (normalisation), τα Ανάβρυτα πρωτοπόρησαν εκ νέου: ενσωμάτωσαν μια ακόμη σχολική μονάδα, το Κλασσικό Λύκειο (σχολικό έτος 1977-78). Επρόκειτο για το πρώτο Πρότυπο Κλασσικό Λύκειο που λειτούργησε ποτέ.

Επακολούθησε νέα σειρά αλλαγών. Τα Ανάβρυτα δεν εξαιρέθηκαν από την απόφαση που κατήργησε τις εξετάσεις σε όλα τα Πρότυπα Σχολεία το 1982 και οι μαθητές εισάγονταν με κλήρωση. Παρ’ όλα  αυτά οι επιδόσεις των μαθητών παρέμειναν εξαιρετικά υψηλές.

Με τον νόμο 1566/1986 η «Πρότυπος Σχολή Αναβρύτων» μετατράπηκε σε «Πειραματικό Γυμνάσιο» και «Πειραματικό Λύκειο» με διαφορετικές διευθύνσεις. Παρά ταύτα η πλειονότητα των Αποφοίτων θεωρεί ότι το σχολείο αποτελεί ενιαία οντότητα.

Το 1991 καταργήθηκε οριστικά το οικοτροφείο, πράξη μέχρι τώρα δυσερμήνευτη, δεδομένου ότι ο αριθμός των οικοτρόφων δεν ήταν ευκαταφρόνητος, υπήρχε δυναμική συντηρήσεως του αριθμού τους και η διατήρηση τού οικοτροφείου δεν επιβάρυνε κάποιον δημόσιο φορέα.

Από τότε τα Ανάβρυτα, έχοντας χάσει την δομική ιδιαιτερότητα λειτουργίας τους, ακολουθούν την πορεία των λοιπών Προτύπων / Πειραματικών Σχολείων με μαθητές που διατηρούν υψηλό επίπεδο σχολικών επιδόσεων, διακρίνονται για τα πολυσχιδή ενδιαφέροντά τους έχοντας παράλληλα αναπτύξει αξιοσημείωτη και υγιή εξωστρέφεια.

Κάθε σχολική μονάδα που λειτούργησε, η κάθε μία πρωτοποριακή, ανταποκρίθηκε στα αιτήματα της εποχής της κατά τον ικανοποιητικότερο τρόπο.